13.sajandi alguseks oli üle kogu Eesti välja kujunenud kihelkondade süsteem. Pärast maa alistamist jagasid ordu- ja kirikuvõimud kihelkonnad väiksemateks kirikukihelkondadeks. Igast kihelkonnast sai 2-3 kirikukihelkonda, kus püstitati keskne kihelkonnakirik. Vanimaid kirikukihelkondi Sakala alalt on mainitud 1234. aastal, nimelt Viljandi, Tarvastu ja Paistu. Suuri vahemaid kihelkonnakirikute vahel täitsid piiskopi poolt pühitsetud abikirikud ja kabelid, kus olid ametis kaplanid või vikaarid. Kiriklikult kuulus Sakala koos Ugandi, Nurmekunda, Mõhu, Vaiga, Soopoolitse ja Jogentaganaga Tartu piiskopkonda. Umbes poole sellest alast - Sakala, Nurmekunna, Mõhu, pool Vaigast - andis piiskop ordu valitsuse alla lääni alusel. 
Kultus oli peamiselt liturgilist laadi, jutlus puudus või oli täielikult tagaplaanil. Kihelkonnapreestrid ei osanud eesti keelt ja vastupidi - koguduse liikmed ei saanud aru ladina ega saksa keelest, mistõttu jutlus oli mõttetu. Kuid kihelkonna preestri kohuseks oli seitsme sakramendi valitsemine ja jagamine kihelkonnas. Eriti tähtis oli pihisakrament, mis toimus salapihina. See pidi andma preestrile võimaluse Jumala andeksandmise ja abiga mõjuda parandavalt. Samuti peeti väga tähtsaks viimse sakramendi jagamist. Sel puhul pidi preester külastama koguduse liikmete kodusid, saades tutvuda kogu koduse olukorraga ja meeleoluga.
Suure-Jaani kirik on ehitatud gooti stiilis kindluskirikuna umbes 1330.a..Kaitseotstarvet täitis torni teine korrus ja ruum võlvidel. Torn on ehitatud üheaegselt pikihoonega. Kirik kuulub Kesk-Eesti kodakirikute rühma, oli kolmelööviline, kusjuures kesklööv oli külgmistest laiem. Pikihoonega liitub idas nelinurkne koor. Tähelepanuväärsed on teravkaarsed portaalid. Lääneportaali kohal on ümaraken, põhjaportaal on astmelise profiiliga. Kapiteelidel on taimemotiivid. Algul nimetati kirikut Püha Johannese kirikuks Sankt Johannis in parochia Valenäi, hiljem Suureks Püha Johannese kirikuks, et eraldada teda Kolga-Jaani Püha Johannese kirikust. Sõdade ajal hävisid kiriku piilarid ja võlvid, kuid oletatakse, et kirik oli ümarpiilaritega kodakirik. Taastamise ajal võlve enam ei taastatud, vaid pandi puulaed.

Suure-Jaani kirikul oli abikirik Vanamõisa külas Vastemõisa lähedal. See on tuntuks saanud Risti kabeli nime all. Poola võimu algse, 1584. a. visitatsiooni andmeil varustati Risti abikirikut patukustutuskirjadega. Teadaolevatel päevadel toimusid seal siis suured rahvakoosviibimised. Järgnevate sõdade ajal kabel purustati. Ümberkaudsed elanikud kasutasid selle varemeid ohverdamiskohana kuni 19. sajandi alguseni. Iga aasta 2. mail süüdati varemete vahel tuli. Ohverdati münte, villa, liha, vilja ja muid toiduaineid.

Kunagi hakati vaidlema kabeli ehitamise põhjuste üle. Ühed pidasid selleks ristiusu võitu paganate üle, teised oletasid, et kabel ehitati endisele asemele võidu sümbolina Lembitu vägede üle Madisepäeva lahingus. On ka legend pimedast printsist, kes seal Suure-Jaani kiriku põhjaportaali künkal jalgu puhates nägijaks sai ning seepärast laskis sellele künkale ehitada kabeli.

Et asjasse osaltki selgust tuua, korraldati Risti kabeli varemetes suvel 1971 arheoloogilised kaevamised. Leiumaterjal näitas, et kabel on ehitatud 15. sajandi esimesel poolel ja on sõdades mitu korda maha põletatud. Kirikuvõimude käsul on kabeli müürid 1777. aastal lammutatud. 
Kabelil ei ole midagi ühist Madisepäeva sündmustega ega ristiusu võiduga. Oma nime on kabel saanud ilmselt katoliku kiriku pühast - kevadisest ristipäevast 02. mai. Risti kabel oli ehitatud Suure-Jaani kiriku abikirikuks Vanamõisa küla ja selle ümbruse rahva teenimiseks. Arvestada tuleb ka seda, et ordu rajas sinna oma haldus-ja majanduspiirkonna keskusena ordumõisa- Vastemõisa. Esmakordselt esineb kirjalikes allikates Wana Moyza 1583. aastal. Ordumõisa ülesandeks oli varustada Viljandi lossi toiduainetega, samuti koguda makse ja andameid talupoegadelt. Ordumõisa eesotsas seisis valitseja Landknechts, kes juhtis kogu piirkonna haldust ja majandust.
Kabelil on veel üks iseärasus. Kaevamistel välja tulnud alusmüür on ebakorrapärane, üks nurkadest ei ole täisnurkne, hoone nurgad on laotud tellistest, samuti põrand.
Risti kabel on täiesti sarnane samal ajal ehitatud Viljandi Katariina kabeliga, kuid viimane on pisut suurem. 

Eesti ja Liivimaa vallutamine ordu- ja kirikujõudude poolt lülitas need alad üleeuroopalisse läänisüsteemi. See aeg oli Lääne-Euroopas läänikorra õitsengu aeg. Eestit ja Liivimaad alistanud jõudude eesotsas olid Saksa-Rooma riigi keiser ja Taani kuningas. Aga et Liivimaa pühendati neitsi Maarjale, luges Püha Tool selle enda omandiks, pretendeerides erilisele ülimusõigusele.

Nii oli vallutatud aladel kolm kõrgeimat lääniisandat. Siinsed piiskopid-Tartu ja Saare-Lääne-olid paavstist sõltuvad kirikuvürstid, tegelikult sõltumatud feodaalvalitsejad, kes allusid paavstile ja keisrile. Teoreetiliselt ei olnud nad ei suveräänid (riigi kõrgeima võimu kandjad ) ega süseräänid (vasalli suhtes kõrgeim senjöör e. suurmaa omanik), nad olid teise astme lääniisandad. 
Orduga oli lugu veelgi raskem. Mõõgavendade ordu rajati sõltuvana Riia piiskopist ning sai tema vasalliks. Maade jagamisel pärast vallutusi said ka teised piiskopid oma piiskopkondades ordu lääniisandaiks. Saksa keisri suhtes oli ordu vaid allvasall. Liivimaa ordumeister sõltus Saksa ordu kõrgmeistrist, kes oli Saksa-Rooma keisri vasall. Keisri vasalliks, Saksa-Rooma riigivürstiks sai Liivimaa ordumeister alles 1530. aastal.

1840-ndail aastail tekkis usuvahetuslik liikumine. Eestlased hakkasid astuma vene usku. 1844. a. oli täielik ikaldus, 1845. a. vihmasel suvel surid loomad halva sööda tõttu. 1846. a. usuvahetajate arv aina kasvas. Rahvas lootis sellest majanduslikku kasu. 1847. a. ehitati Olustverre õigeusu kirik. 1848. a. oli kihelkonnas 608 õigeusklikku meest ja 295 naist. Suure-Jaani õigeusu kogudus asutati 1847. a. 1850. a. rajati Reegoldisse õigeusu surnuaed. Suur-Jaanis asutati õigeusuliste kalmistu alles 1911. aastal. Olustvere vene kirik müüdi ära. Omanik lammutas selle ning ehitas materjalist Suure-Jaanis elamu. Praegune vene usu kirik on ehitatud 1906- 1908. a. Nüüd on kirik suletud ja hävinemas.